New York, 2008. Marcus Goldman est un jeune écrivain, devenu célèbre grâce à son premier roman, qui peine à retrouver l'inspiration. Marcus a un mentor, l'auteur des "Origines du mal" qui a connu un immense succès aux États-Unis à la fin des années 70 : Harry Quebert. Ce dernier se retrouve accusé de meurtre lorsqu'on découvre, enterré dans son jardin, le corps de Nola Kellergan, disparue à l'âge de 15 ans durant l'été 1975, avec qui il entretenait une liaison.
Marcus décide de quitter New York et de se rendre à Aurora, dans le New Hampshire, pour faire la lumière sur cette surprenante accusation et prouver l'innocence de son ami. Mais l'enquête va rapidement se montrer beaucoup plus compliquée que ce qu'il imaginait.